平成17年度より、本学会の元会長である金ヶ嵜士朗東京大学名誉教授からのご提案により、日本生体防御学会奨励賞と優秀発表賞（令和6年度より再開。詳細はこちらから）の２種類の学会賞が設けられました。
【日本生体防御学会奨励賞】
《趣旨》
奨励賞は、生体防御学に寄与する優秀な研究論文を発表した若手の本学会会員に対し、日本生体防御学会 奨励賞を与え顕彰する。
選考対象者：以下の各項目に該当する者
1. ヒトまたは動植物の生体防御に関して、新規な着想による研究、新規な方法を用いた研究、または未開発分野の研究を進めている新進気鋭の研究者
2. 40歳未満（当該年4 月1日）の博士号取得者および同等者
3. 生体防御学に関する優秀な業績を発表した研究者
4. 本学会会員で過去に日本生体防御学会学術総会で筆頭演者として発表した者
《応募方法》
以下の１）-３）を期限内に学会事務局に送付する。（令和7年度より提出先が学会事務局になります。）
1. 受賞者候補者、業績名、推薦者名を記した推薦書（A4、１頁、推薦者は本学会会員とし、自薦他薦を問わない。）
2. 主要論文の要旨と別刷（３編以内、１編可）
3. 被推薦者の履歴書、業績リスト（以下の様式をダウンロードしてご利用ください。）
●様式のダウンロード
《選考方法》
1. 選考は選考委員会により行い、理事会により決定する。
2. 選考委員会は学術総会長が委員長として、委員長が理事会（監事含む）より選出した委員をもって構成する。
《表彰》
1. 受賞者には学術総会において、賞状と副賞10万円の授与が行われる。（複数の場合は、折半する）
2. 受賞者は学術総会において受賞講演を行う。
附則
本規定は平成23年4月1日からこれを施行する。
l 本規定は令和6年9月13日に一部改正した。